本研究所では、3年を1サイクルとして複数の研究会が設置され、本研究所の専任研究員、本学専任教職員、 法人諸学校専任教職員および学外の研究者が参加し、 各研究会で学際的な共同研究が進められています。
これらの研究会は、公募により、申請のあった研究グループのなかから研究所委員会での審議を経て採用・設置されます。教員の多様な専門・関心を反映して、各部門の研究テーマも、ひろく人文・社会科学の諸分野にわたるものとなっており、キリスト教、社会一般、政治、文化、経済、経営等の分野における特定の問題についての実証的研究が各部門で行われています。　
なかでも、本学創立以来教学のバックボーンとなっているキリスト教、特にプロテスタントが日本の近代化に果たした役割についての研究は、歴史も古く多くの研究成果の蓄積を有しています。
このほかにも、近・現代社会の総合的研究や比較研究、 国際的な知識研究等が、共同研究の大きな柱となっています。

本研究所では、研究会での共同研究ならびに専任研究員の個人的研究活動の成果をひろく一般市民・学生に公表・還元する目的で、 1977年から公開講演会を定期的に開催しています。
講演会は、ほぼ毎回、特定のテーマを設定して開かれています。近年の公開講演会は、こちらを参照してください。

本研究所は、定期刊行物としての機関誌を刊行するとともに、不定期刊行物としての研究叢書およびブックレットを出版し、 研究会参加者ならびに専任研究員の研究成果を公表しています。
機関誌には、『キリスト教社会問題研究』と『社会科学』があります。年間前者は1回、後者は3～4回刊行されます。
研究叢書は、一つの研究会での共同研究の成果を1冊の公刊物としてまとめたもので、それらのうちの多くは大学の助成を得て出版され、市販されています。体系を整え内容をより豊かにするために、当該研究会参加者以外の研究者を執筆者に加えることもあります。研究叢書の刊行一覧は、こちらを参照してください。
ブックレットは、先に紹介した公開講演会の内容をまとめたものとして、93年から発行されています。