本研究所は、設立以来多様な資料を精力的に収集してきました。 キリスト教社会問題関係をはじめとし、歴史・文化・経済・経営・社会問題関係等約18万冊の図書資料と一次資料を所蔵しています。特にキリスト教社会問題関係資料は長年に渡ってキリスト教社会問題研究会が中心となって収集してきた資料で内外の研究者の間にも高い評価を受けています。かつてはCS文庫として別置されていましたが現在は他の資料と共に配架されておりDOORSでの検索が可能となっています。図書資料以外にこの研究会が収集した1次資料には海老名弾正資料、湯浅与三文書、山室軍平文庫、柏木義円文書、長田時行文書などがあり貴重な資料となっています。

キリスト教社会問題関係資料以外では、個人伝記、地方史などの資料を積極的に収集しており、近年では東アジア地域研究に関する資料も収集しています。また京都をはじめとする歴史関係の資料も多く、河原林家文書や細辻家文書などの文書類も所蔵しています。

なお、これらの資料は学内外の研究者・大学院生はもとより学部生の利用にも供していますが、 事情によって帯出・閲覧を制限している場合があります。