3 年を1 サイクルとして複数の「部門研究会」が設置され、同志社大学専任教員を研究代表者とし、同志社専任教職員および学外の研究者が参加し、人文科学研究所の専任研究員もその運営・活動に加わって、各研究会で学際的な共同研究が進められています。
　これらの研究会は、公募により、申請のあった研究グループについて学内での審議を経て採択・設置されます。教員の多様な専門・関心を反映して、各部門の研究テーマも広く人文・社会科学の諸分野にわたるものとなっており、実証的かつ学際的な共同研究は本研究所の部門研究会の特色をなすものです。なかでも、以下の3つの研究分野に重点を置いて研究活動を進めています。

(1) キリスト教社会問題研究
近現代日本の社会思想や社会運動に及ぼしたキリスト教、とりわけプロテスタントの影響についての歴史的・総合的研究
(2) 京都を始めとする近現代日本の地域研究
近現代日本の京都を始めとする地域社会 の形成および発展についての歴史的・総合的研究
(3) 現代社会研究
現代社会の総合的研究、国際的な比較研究および地域研究

　また、本研究所は本務校をもたない研究者や本学あるいは他大学の大学院博士後期課程在籍者に研究の場を提供しています。具体的には、部門研究会の正式メンバーである嘱託研究員（社外）としての研究活動であり、研究会（セミナー）への参加に加え、本研究所機関誌への研究成果の投稿が可能です。